กรมคลัง - มี ขุนคลัง เป็นผู้ดูแล มีหน้าที่รักษาผลประโยชน์ของแผ่นดินที่ได้จากการเก็บส่วยอากร
อยุธยาเป็นเมืองหลวง เป็นจุดของศูนย์รวมอำนาจการปกครอง ล้อมรอบด้วยเมืองลูกหลวง ประกอบด้วยทิศเหนือ เมืองลพบุรี ทิศตะวันออก เมือง นครนายก ทิศใต้ เมืองนครเขื่อนขันธ์ และทิศตะวันตก เมือง สุพรรณบุรี
ถัดออกมาคือ หัวเมืองชั้นใน ได้แก่ สิงห์บุรี ปราจีนบุรี ชลบุรีและเพชรบุรี และเมืองประเทศราช เช่น เมืองนครศรีธรรมราชและเมืองพิษณุโลก
การเมืองการปกครองสมัยอยุธยาตอนกลาง
1991-2231
การปกครองเริ่มตั้งแต่รัชกาลสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถเป็นต้นมา หลังจากที่ได้ผนวกเอาอาณาจักรสุโขทัยมาเป็นส่วนหนึ่งของอาณาจักรอยุธยาโดยมีลักษณะสำคัญ 2 ประการคือ
1. จัดการรวมอำนาจเข้าสู่ศูนย์กลาง
2. แยกกิจการฝ่ายพลเรือนกับฝ่ายทหารออกจากกัน
การปกครองส่วนกลาง
สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ โปรดฯให้มีตำแหน่งสมุหกลาโหมรับผิดชอบด้านการทหารนอกจากนี้ยังได้ทรงตั้งหน่วยงานเพิ่มขึ้นมา อีก 2 กรม คือ
กรมมหาดไทยมีพระยาจักรีศรีองครักษ์เป็นสมุหนายกมีฐานะเป็นอัครมหาเสนาบดี มีหน้าที่ควบคุมกิจการพลเรือนทั่วประเทศ
กรมกลาโหมมีพระยามหาเสนาเป็นสมุหพระกลาโหมมีฐานะเป็นอัครมหาเสนาบดีมีหน้าที่ควบคุมกิจการทหารทั่วประเทศ
นอกจากนี้ใน 4 กรมจตุสดมภ์ที่มีอยู่แล้ว ทรงให้มีการปรับปรุงเสียใหม่ โดยตั้งเสนาบดีขึ้นมาควบคุมและรับผิดชอบในแต่ละกรมคือ
กรมเมือง(เวียง มีพระนครบาลเป็นเสนาบดี
กรมวัง มีพระธรรมาธิกรณ์เป็นเสนาบดี
กรมคลัง มีพระโกษาธิบดีเป็นเสนาบดี
กรมนา มีพระเกษตราธิการเป็นเสนาบดี
การปกครองส่วนภูมิภาค
สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถทรงยกเลิกการปกครองแบบเดิมทั้งหมดแล้วจัดระบบใหม่ดังนี้
1. หัวเมืองชั้นในยกเลิกเมืองหน้าด่านแล้วเปลี่ยนเป็นเมืองชั้นใน มีฐานะเป็นเมืองจัตวาผู้ปกครองเมืองเหล่านี้เรียกว่า ผู้รั้งพระมหากษัตริย์จะเป็นผู้แต่งตั้งขุนนางในกรุงศรีอยุธยา ทำหน้าที่ผู้รั้งเมืองต้องรับคำสั่งจากในราชธานีไปปฏิบัติเท่านั้นไม่มีอำนาจในการปกครองโดยตรง
2.หัวเมืองชั้นนอก(เมืองพระยามหานคร)เป็นหัวเมืองที่อยู่ภายนอกราชธานีออกไป จัดเป็นหัวเมืองชั้นตรี โท เอกตามขนาดและความสำคัญของหัวเมืองนั้น เมืองเหล่านี้มีฐานะเดียวกันกับหัวเมืองชั้นในคือขึ้นอยู่ในการปกครองจากราชธานีเท่านั้น
3. หัวเมืองประเทศราชยังให้มีการปกครองเหมือนเดิมมีแบบแผนขนบธรรมเนียมเป็นของตนเอง มีเจ้าเมืองเป็นคนในท้องถิ่นนั้นส่วนกลางจะไม่เข้าไปยุ่งเกี่ยวในด้านการปกครอง แต่ต้องส่งเครื่องราชบรรณาการมาถวาย
การปกครองส่วนท้องถิ่นแบ่งการปกครองเป็นหน่วยย่อยโดยแบ่งเป็น
1. บ้านหรือหมู่บ้านมีผู้ใหญ่บ้าน มีผู้ว่าราชการเมืองเป็นหัวหน้า จากการเลือกตั้งจากหลายบ้าน
2. ตำบลเกิดจากหลายๆหมู่บ้านรวมกันมีกำนันเป็นหัวหน้ามีบรรดาศักดิ์เป็น พัน
3. แขวงเกิดจากหลายๆตำบลรวมกัน มีหมื่นแขวงเป็นผู้ปกครอง
4. เมืองเกิดจากหลายๆ แขวงรวมกันมีผู้รั้งหรือพระยามหานครเป็นผู้ปกครอง
ต่อมาในรัชกาลสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 2ได้มีการปรับปรุงระเบียบการปกครองทางด้านการทหาร ได้แก่
1.
การจัดทำสารบัญชี (หรือสารบาญชี)เพื่อให้ทราบว่ามีกำลังไพร่พลมากน้อยเพียงใด
2. สร้างตำราพิชัยสงคราม ซึ่งเป็นตำราที่ว่าด้วยการจัดทัพ การเดินทัพ การตั้งค่าย การจู่โจมและการตั้งรับส่วนหนึ่งของตำราได้มาจากทหารอาสาชาวโปรตุเกส
3. การทำพิธีทุกหัวเมืองซักซ้อมความพร้อมเพรียงเพื่อสำรวจจำนวนไพร่พล(คล้ายกับพิธีถวายสัตย์ปฏิญาณต่อธงชัยเฉลิมพลในปัจจุบัน