พระราชบัญญัติจัดระเบียบราชการกระทรวงกลาโหม พ.ศ. ๒๕๕๑ มาตรา ๑๓ สำนักงานปลัดกระทรวงกลาโหม มีหน้าที่เกี่ยวกับงานนโยบายและยุทธศาสตร์งานราชการประจำทั่วไปของกระทรวง และราชการส่วนหนึ่งส่วนใดของกระทรวงซึ่งมิได้กำหนดให้เป็นหน้าที่ของส่วนราชการอื่นใด มีปลัดกระทรวงกลาโหมเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ แบ่งส่วนราชการเป็น ๑๒ ส่วน ดังนี้
๑. สำนักปลัดกระทรวงกลาโหม มีหน้าที่เกี่ยวกับการเลขานุการ การรับรองและการประสาน การปฏิบัติงานด้านพิธีการให้กับปลัดกระทรวงกลาโหม รองปลัดกระทรวงกลาโหม และผู้ดำรงตำแหน่งอื่น ตามที่ได้รับมอบหมาย การประชาสัมพันธ์ให้กับสำนักงานปลัดกระทรวงและกระทรวงกลาโหมในภาพรวม และ ปฏิบัติราชการอื่นๆ ซึ่งมิได้อยู่ในอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการในสำนักงานปลัดกระทรวงโดยเฉพาะ มีปลัดกระทรวงกลาโหมเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ
๒. สำนักนโยบายและแผนกลาโหม มีหน้าที่พิจารณาเสนอนโยบาย อำนวยการ ประสานงาน และดำเนินการเกี่ยวกับนโยบายและยุทธศาสตร์ด้านการป้องกันประเทศ นโยบายและยุทธศาสตร์ด้านเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสารของกระทรวงกลาโหม ทั้งระบบการควบคุมบังคับบัญชาและระบบการบริหารราชการทั่วไป นโยบายและแผนด้านการทหาร การข่าว การส่งกำลังบำรุง การระดมสรรพกำลัง การต่างประเทศ การพัฒนาประเทศ และการช่วยเหลือประชาชน และมีหน้าที่ควบคุม กำกับดูแลการปฏิบัติของส่วนราชการ ในกระทรวงกลาโหมให้เป็นไปตามนโยบายและยุทธศาสตร์ที่กระทรวงกลาโหมกำหนด การจัดทำและปรับปรุงแก้ไข อัตราของส่วนราชการในกระทรวงกลาโหม การฝึก การศึกษาอบรมในต่างประเทศ การวิเทศสัมพันธ์กิจการของสภากลาโหม การรักษาความปลอดภัย และปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย มีผู้อำนวยการสำนักนโยบายและแผนกลาโหมเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ
๓. กรมเสมียนตรา มีหน้าที่พิจารณาเสนอนโยบาย อำนวยการ ประสานงาน และดำเนินการเกี่ยวกับ นโยบายและแผนงานการกำลังพล ตลอดจนการดำเนินการกำลังพลที่อยู่ในอำนาจของปลัดกระทรวงกลาโหมและ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม การควบคุมกำกับดูแลการปฏิบัติของส่วนราชการในกระทรวงกลาโหมให้เป็นไป ตามนโยบายด้านการกำลังพลที่กระทรวงกลาโหมกำหนด การศึกษาอบรมในประเทศ การสวัสดิการของข้าราชการ สำนักงานปลัดกระทรวง การสารบรรณราชการประจำทั่วไปของกระทรวงกลาโหม และปฏิบัติงานอื่นตามที่ ได้รับมอบหมาย มีเจ้ากรมเสมียนตราเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ
๔. สำนักงบประมาณกลาโหม มีหน้าที่พิจารณาเสนอนโยบาย อำนวยการ ประสานงาน และดำเนินการ เกี่ยวกับการงบประมาณ การบริหารทรัพยากรและงานในสายงานงบประมาณอื่นๆ ที่เกี่ยวข้อง รวมทั้งควบคุมกำกับดูแลการปฏิบัติของส่วนราชการในกระทรวงกลาโหมให้เป็นไปตามนโยบายด้านงบประมาณที่กระทรวงกลาโหมกำหนด และปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย มีผู้อำนวยการสำนักงบประมาณกลาโหม เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ
๕. กรมพระธรรมนูญ มีหน้าที่เกี่ยวกับศาลทหาร อัยการทหาร ทนายทหาร นายทหารพระธรรมนูญ การคุ้มครองพยานในคดีอาญา ราชการในส่วนธุรการและวิชาการที่เกี่ยวกับกฎหมายและสังคมศาสตร์ และ ปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย มีเจ้ากรมพระธรรมนูญเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ
๖. ศูนย์การอุตสาหกรรมป้องกันประเทศและพลังงานทหาร มีหน้าที่ส่งเสริม และดำเนินการเกี่ยวกับงาน ด้านอุตสาหกรรมป้องกันประเทศและพลังงานทหาร วางแผนอำนวยการ ประสานงาน พิจารณา เสนอความเห็นให้เป็นไปตามนโยบายของกระทรวงกลาโหมและปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย มีผู้อำนวยการศูนย์การอุตสาหกรรมป้องกันประเทศและพลังงานทหารเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ
๗. กรมการเงินกลาโหม มีหน้าที่เกี่ยวกับการเงิน การบัญชี เบี้ยหวัด บำเหน็จ บำนาญ และควบคุมการใช้จ่ายเงินให้เป็นไปตามระเบียบแบบแผนของทางราชการ ตลอดจนให้ข้อเสนอแนะการดำเนินงานด้านการเงิน และการบัญชี และปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย มีเจ้ากรมการเงินกลาโหมเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ
๘. กรมการสรรพกำลังกลาโหม มีหน้าที่พิจารณาเสนอความเห็น วางแผน อำนวยการ ประสานงาน กำกับดูแล และดำเนินการเกี่ยวกับการระดมสรรพกำลังเพื่อการทหาร การกำลังสำรอง การสัสดีของกระทรวงกลาโหม ตลอดจนประสานความร่วมมือกับต่างประเทศ และปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย มีเจ้ากรมการสรรพกำลังกลาโหมเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ
๙. กรมวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีกลาโหม มีหน้าที่พิจารณาเสนอความเห็น วางแผน อำนวยการ ประสานงาน กำกับการ และดำเนินการเกี่ยวกับกิจการด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีป้องกันประเทศ ตลอดจนบริหารจัดการเกี่ยวกับนโยบาย แผนงาน โครงการ และงบประมาณให้เป็นไปตามนโยบายด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีป้องกันประเทศของกระทรวงกลาโหม และปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย มีเจ้ากรมวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีกลาโหมเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ
๑๐. กรมเทคโนโลยีสารสนเทศและอวกาศกลาโหม มีหน้าที่พิจารณาเสนอความเห็น วางแผน อำนวยการ ประสานงาน กำกับดูแล และดำเนินการเกี่ยวกับเทคโนโลยีสารสนเทศ การสื่อสารเพื่อการบริหารราชการ ทั่วไป คลื่นความถี่ กิจการอวกาศและภาพถ่ายดาวเทียมเพื่อความมั่นคงของกระทรวงกลาโหม และปฏิบัติงานอื่น ตามที่ได้รับมอบหมาย มีเจ้ากรมเทคโนโลยีสารสนเทศและอวกาศกลาโหมเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ
๑๑. สำนักงานสนับสนุน สำนักงานปลัดกระทรวงกลาโหม มีหน้าที่สนับสนุนทางการส่งกำลังและซ่อมบำรุง การขนส่ง การบริการทางการแพทย์ การบริการ การโยธาธิการ การควบคุมดูแลอสังหาริมทรัพย์ กิจการดุริยางค์ กิจการโรงพิมพ์ของสำนักงานปลัดกระทรวง ตลอดจนดำเนินการเกี่ยวกับการที่ดินของกระทรวงกลาโหม และ ปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย มีผู้อำนวยการสำนักงานสนับสนุน สำนักงานปลัดกระทรวงกลาโหมเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ
๑๒. สำนักงานตรวจสอบภายในกลาโหม มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับการตรวจสอบภายในให้แก่ ส่วนราชการในสำนักงานปลัดกระทรวงกลาโหมและสำนักงานรัฐมนตรี ตามคำสั่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม ให้เป็นไปตามระเบียบแบบแผนของทางราชการ ตรวจสอบการปฏิบัติราชการของส่วนราชการในสำนักงานปลัดกระทรวงกลาโหม พิจารณาความรับผิดทางแพ่ง และปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย มีผู้อำนวยการสำนักงานตรวจสอบภายในกลาโหมเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ